El 8 de gener de 1949, en el despatx del batle d'Eivissa, Cèsar Puget Riquer, es reuní la comissió gestora del projectat centre d'estudis locals. El grup estava format pels quinze patricis següents : Josep i Antoni Costa Ramon, Enrique Fajarnés Cardona, Alexandre Llobet, Isidor Macabich, José María Mañá de Angulo, Narcís Puget, Jeroni Roig Binimelis, José Sáez Martínez, Manuel Sorà Bonet, Bartomeu Tur Guasch, Josep Tur Riera, Manuel Verdera Ferrer, Marià Villangómez Llobet i Josep Zornoza Bernabeu. Aquesta comissió realitzà les gestions pertinents per tal de sol·licitar la incorporació de l'Institut al Patronat José María Quadrado, dedicat a investigacions de caire local, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.

La idea de la fundació de l'Institut havia set promoguda per l'aleshores governador civil de Balears, José Manuel Pardo Suárez. La Societat Cultural i Artística Ebusus, oferí la capçalera de la revista Ibiza , que s'editava des de 1944 i se n'havien publicat 28 números. Aquesta contribució es complementà amb l'oferiment de col·laboració de les persones que en formaven el cos de redacció i dels membres de la Comissió de Cultura de l'entitat. A més, el governador Pardo Suárez adquirí, previ pagament de 60.000 pta., el casal de can Llaudis, bell exemple del gòtic català, situat al carrer Major de Dalt Vila, per convertir-lo en la seu noble de l'Institut.

En reunió plenària de 18 de gener d'aquell llunyà any de 1949, la corporació municipal de l'Ajuntament d'Eivissa quedà assabentada de l'escrit adreçat al Patronat José María Quadrado, amb data de 10 de febrer, amb la sol·licitud d'adscripció de l'Institut. Una vegada aprovada l'adscripció, el 28 de març era aprovat el reglament de funcionament de l'Institut i començava la seua llarga i fructífera trajectòria.

Aquesta primera etapa, de poca incidència pública, es caracteritza per la publicació de sis números de la revista Ibiza i una esplèndida col·lecció de llibres d'autors com Antoni Costa Ramon, Josep Costa Ramon, Enrique Fajarnés Cardona i l'aportació més nombrosa d'Isidor Macabich, trencada per les escasses activitats que organitza l'Ajuntament d'Eivissa, aprofitant el nom de l'Institut.